IT之家 9 月 12 日消息，苹果公司的研究人员本月初公布了一项名为 SimpleDesign 的蛋白质设计模型，相关研究论文以预印本形式发布在 arxiv 上。 该模型能够联合生成蛋白质的氨基酸序列和三维结构，采用直接在原始数据上训练的方式，省去了传统多阶段训练流程中的中间表示转换环节。 研究人员在论文中提到，现有不少蛋白质联合设计模型需要先训练自编码器，将蛋白质结构转换为离散的潜在表示，再训练生成模型处理这些表示。SimpleDesign 直接使用氨基酸序列和连续三维坐标进行端到端训练。 这项研究延续了苹果此前 SimpleFold 项目的技术思路。SimpleFold 通过流匹配模型，根据氨基酸序列直接预测蛋白质三维结构。SimpleDesign 则将这一简化架构扩展至蛋白质设计任务，不仅预测结构，还尝试同时生成能够形成相应结构的氨基酸序列。 研究团队使用了超过 200 万组蛋白质序列与结构配对数据，主要来自 AFESM 数据集。该数据集整合了 AlphaFold 数据库的预测结构及其他样本。训练过程中，模型会随机遮盖氨基酸序列中的部分内容，同时向对应的三维结构添加噪声。 通过调整序列和结构的破坏程度，模型可以学习不同的蛋白质任务。当序列基本完整而结构受到较大干扰时，任务类似于蛋白质折叠，即根据已知序列恢复结构；当结构基本完整而序列被大量遮盖时，则类似于逆折叠，即生成能够形成指定结构的氨基酸序列。 当序列与结构同时受到部分破坏时，模型需要联合处理两类信息，从而学习蛋白质序列与结构的协同设计。 IT之家注：蛋白质折叠是指氨基酸链形成特定三维结构的过程，逆折叠则是根据目标结构寻找可能对应的氨基酸序列。 根据研究结果，SimpleDesign 在蛋白质联合设计、结构生成和序列生成等基准测试中取得了具有竞争力的表现。研究人员还发现，该模型能够生成具有合理形态的蛋白质结构，生

  • 情报分类：技术价值
  • 命中依据：AI蛋白质设计模型发布，技术进展
  • 来源：资讯 / IT之家
  • 发布时间：2026/9/12 10:15:21